Segunda Temporada 
Después de la huida de Sasuke, Naruto
marchó con Jiraiya para entrenar para
aprender a controlar más
adecuadamente el chakra de Kyübi,
y regresa a Konoha dos
años y medio después. En el anime
se
intercala una serie de sagas de
relleno
en este período. Naruto,
efectivamente,
crece tanto en tamaño, como en
fuerza y
madurez, al igual que todos sus
antiguos compañeros, como comprueba
al ir encontrándoselos de nuevo, y
dandose
cuenta de que han llegado a chūnin y
jounin mientras que el se quedó como
genin
debido a que entrenando con Jiraiya no
presento su examen.
chūnin. Sige locamente
enamorado de Sakura Haruno y ahora
en el shippuden parece que este esta
enamorado
aun más de ella con tantas veces que
le invita a salir y sus indirectas (que no
son tan indirectas) del personaje. 

El secuestro de Gaara 
Naruto participa en la misión de
rescate del kazekage Gaara,
secuestrado por Akatsuki para
extraer su Bijū, el Shukaku. Cuando
finalmente encuentran la cueva donde
se había realizado la
extracción, Deidara huye con el
cuerpo de Gaara en uno de sus
grandes pájaros de arcilla, y Naruto y
Kakashi le persiguen, mientras Sakura y
Chiyo luchan contra Sasori. 

Kakashi usa su Mangekyō Sharingan
para herir a Deidara, y Naruto, usando
el Rasengan consigue recuperar a
Gaara. Tras huir de la explosión con
que Deidara detona a su clon de
arcilla, Naruto presta su chakra a
Chiyo para resucitar al kazekage,
sin saber que eso costará la vida a la
anciana. Aunque feliz por el regreso de
su amigo, Naruto se sorprende y
entristece a la vez al saber
lo que ha hecho Chiyo. 

La reaparición de Sasuke 
Kakashi queda recluido en el hospital,
y es sustituido por Yamato, un ANBU
que puede controlar los poderes del
Kyūbi si Naruto pierde el control sobre él.
El grupo 7 sufre también la
incorporación de Sai, un miembro
de la Raíz del ANBU que se supone
va a sustituir a Sasuke. Naruto acaba
odiando con facilidad a Sai por la
forma en que se comporta. 

Juntos, son enviados a contactar
con el espía que Sasori reveló a
Sakura que había colocado entre
los hombres de Orochimaru, a un
lugar llamado el Puente del cielo y
de la tierra, en la Aldea Oculta de
la Hierba. El espía resulta ser
Kabuto Yakushi, que mucho tiempo
atrás ya había cambiado su lealtad
hacia Orochimaru, el cual le
acompaña. Se inicia entonces una
larga pelea contra Orochimaru, en
la que Naruto pierde el control y
saca a relucir cuatro de las colas
de Kyūbi, lo cual pone en un serio
aprieto al sannin. Finalmente este
huye, y Yamato consigue controlar
a Naruto despues de herir en el brazo
a Sakura. 
 Por uno de los clones de Yamato
descubre la localización de la
guarida de Orochimaru, y entran
en acción para buscar a Sasuke.
Sai, por su parte, había desparecido
para cumplir la misión que se le había encomendado:
negociar con Orochimaru
sobre otra posible invasión a Konoha de
parte de Danzō, y matar a Sasuke. Cuando
los demás entran en la guarida, se
encuentran con Sai, que les revela
sus intenciones, y les dice que
Sasuke no tiene intención de regresar.
Sin embargo, Naruto le convence de lo
contrario, diciéndole que para él
sigue siendo
valioso como amigo. Después de esta
charla, y de una inesperada aparición
de Kabuto, Sai logra comprender en
parte los motivos de Naruto, y decide
unirse a ellos, revelándose ante
Kabuto y capturándolo. 
 Orochimaru apareció en
ese momento, obligándoles a
separarse, mientras
Sai marcha para buscar a
Sasuke.
Orochimaru sin embargo no
combate
más con Naruto y se marcha
porque asegura que le interesa más lo
que haga Sai. Sai ya ha encontrado a
Sasuke, y
una gran explosión deja al aire
la guarida anteriormente
subterránea. Finalmente,
Naruto vuelve a ver a Sasuke,
pero él se muestra frío y distante,
y esquiva
sus ataques con facilidad. Aunque
puede matarlos usando una técnica
prohibida desconocida aún, no
lo hace porque
Orochimaru le dice que
les resultarán útiles para que maten a
algunos Akatsukis, facilitando
así su labor. Dicho esto, los
enemigos desaparecen, y los de
Konoha vuelven a casa. 

Fūton: Rasen Shuriken 
Naruto se sumerge entonces en un
entrenamiento acelerado con
Kakashi y
Yamato usando el Kage Bunshin
no jutsu
para ganar experiencia más
fácilmente. Su objetivo es
desarrollar su habilidad sobre
el chakra de viento, al que
descubre que es
afín, y perfeccionar así el
Rasengan.
Cuando aún no ha dominado
más que
la mitad de la técnica nueva,
el Fūton:
Rasen Shuriken, participa en
el combate
que Kakashi mantenía contra
Kakuzu.
Probar su técnica en el Akatsuki
da como resultado la destrucción
de dos de los tres corazones
que le quedaban. La técnica
es de hecho tan destructiva,
que puede lesionar gravemente
el brazo con que
Naruto la usa hasta poder dejarlo
inservible: corta con microespinas,
uno a uno, los nervios que unen las
células, daño irreparable
para la medicina ninja. Por este motivo,
Tsunade le prohíbe usarla de nuevo.
Naruto, sin embargo, asegura conocer
cuál es su límite y que la usará
cuando proceda. 

Sasuke contra Deidara 
Tras la derrota de Hidan y Kakuzu,
se
dispone a buscar a Itachi Uchiha,
tras
enterarse de que Sasuke ha matado
a Orochimaru, porque en Konoha
suponen
que es la mejor forma de reencontrarse
con el vengador. Así pues, dos
equipos de
la aldea parten a la caza de Itachi:
el formado por Naruto, Sakura,
Yamato, Sai y Kakashi, junto al
formado por Shino, Hinata, Kiba y
Akamaru. El equipo se separa en
partes para cumplir mejor con
su labor
de búsqueda. Naruto es organizado
con Hinata y Yamato. Son interceptados
por Kabuto, quien dice que quiere ser
como Naruto, y que le entrega
un
extraño cuaderno donde asegura
que
hay todo tipo de información sobre
Akatsuki que Orochimaru pudo
recopilar con los años. Luego les
revela que insertó los restos de
Orochimaru en su cuerpo, para
alcanzar un nivel superior. 

Jiraiya contra Pein 
Luego Naruto se encuentra
sorpresivamente con Itachi quien
le pregunta porque quiere salvar a
Sasuke a lo que este reponde que lo
considera como un hermano y sin
lugar a dudas él seria mejor
hermano que Itachi. Después Itachi
desaparece velozmente. Después
Sasuke tiene un pequeño encuentro
con Itachi que le dice que vaya al
escondite de los Uchiha, donde se
realizara su encuentro final, sin
embargo en el trayecto Sasuke se
encuentra con un Kage Bunshin no
jutsu de Naruto y este da con la
posición de Sasuke y se dispone a seguirlo. 

Los ocho de Konoha (Naruto,
Sakura, Kakashi, Sai, Yamato,
Kiba, Hinata y Shino), en su
búsqueda de Sasuke e Itachi, son
de repente interceptados por Tobi,
que se mofa delante de ellos acerca
de la enorme inferioridad numérica a
la que se ve sometido. Un Kage
Bunshin
de Naruto ataca por detrás a Tobi
con un Rasengan, pero éste le
traspasa sin causarle ningún daño,
de la misma forma que salió indemne
del sablazo de Sasuke
en el combate de éste último
contra él y Deidara. 

La busqueda de Sasuke 
Posterior a eso Naruto ataca a Tobi desesperadamente pero éste evita
todos sus ataques con facilidad gracias
a su técnica Suegin Rendan (técnica de
espacio temporal). Los démas se alistan
para atacar a Tobi, pero la aparición de
Zetsu hace que Tobi se marche.
Naruto
ha fallado una vez más, y se lamenta
de
no poder haber sido capaz de llevar
de regreso a Sasuke. 

En un episodio del manga, se observa
a Naruto dormitando en su pequeña
casa,a la vez que recuerda el
encuentro que tuvo con Itachi Uchiha,
justo antes de que éste último se
enfrentara a su hermano Sasuke. En dicho encuentro, Itachi le pregunta a Naruto, la razón por la queestima tanto a Sasuke,
considerando que éste huyó de
Konoha y le abandonó no
importándole la amistad que
había entre
ambos. De igual forma le
plantea la
posibilidad de que en un futuro
Sasuke
atacase Konoha, preguntándole
sí estaría dispuesto a asesinar
a su amigo con miras a proteger
la aldea. El joven Uzumaki,
responde molesto, que eso es
imposible,ya que Sasuke jamás
atacaría
su aldea natal, y que, en caso de
presentarse dicha situación,
buscaría la forma de proteger la
aldea sin tener que matar a su
amigo. Itachi le responde que es aún
un niño, ya que un ninja debe
tomar
decisiones difíciles sin
entremezclar
sentimientos; al tiempo que
envía uno
de sus cuervos genjutsu
directamente a
la boca de Naruto, diciendo
que le ha dado
parte de su poder, esperando
que jamás
tenga que usarlo. Finalizando
todo con
una sonrisa por parte de Itachi y un
sorprendido Naruto. Para después,
disponerse a dormir sin entender la
razón por la que Itachi actuó de esa
forma, aquel día. 

La muerte de Jiraiya y el Codigo 
Después de esto llegan a Konoha
Fukasaku-sama, líder de los ermitaños
sapos de la montaña Myouboku, junto
a Gamabunta y otros sapos. Fukasaku
es el maestro de Jiraiya, el que le
enseño
el estilo ermitaño. Este le informa la
muerte en combate de Jiraiya a Naruto.
Él se enfada con Tsunade por haberlo
enviado a esa misión, pero Iruka le
recuerda que el ermitaño no sólo le
veía como un alumno, sino como su nieto. 

Mientras tanto Tsunade encarga a
Shikamaru la tarea de resolver
el código que Jiraiya escribió en la
espalda de una rana justo antes de
morir. Shikamaru trata de hablar
con varias personas, entre ellas,
Kakashi y Tsunade
(los más cercanos a Jiraiya)
para averiguar el significado
del código. Sin embargo, no
consigue nada y trata de hablar con
Naruto, el cual está tan deprimido
que ni siquiera le presta atención.
Shikamaru lleva a Naruto hasta el
hospital de Konoha donde se
encuentran con Kurenai quien ya
presenta un embarazo muy avanzado.
Tras despedirse de ella Shikamaru
le dice a Naruto que no puede estar
toda la vida deprimido y que debe
afrontar que se está haciendo adulto
ya que hay personas que dependen
de él, al final Naruto esboza una
sonrisa de determinación. Además
dentro de las pruebas que pudo
conseguir Jiraiya antes de morir
esta uno de los cuerpos de Pein,
al cual en el manga 406 le hacen
una autopsia y tienen capturado
uno de los ninjas de la aldea de
la lluvia. Luego Shikamaru y Naruto
se dirigen al lugar de decodificaciones,
donde Naruto ve fijamente el mensaje
de Jiraiya, y se da cuenta que uno de
los números que parece nueve, en
verdad es una letra "Ta" lo que lleva a
pensar que la respuesta puede estar en
los libros para adultos que escribia el
sanin; En ese momento kakashi se asoma
por la ventana y cree que el libro clave
para el acertijo es "Tácticas Icha icha"
ya que ahi se usa la "ta" , luego con
los números van buscando las páginas
del libro; a Kakashi le da verguenza
leerlas ya que se tratan de partes
obcenas, pero finalmente recolectan
varias frases que por si solas no
dicen nada, pero si se toma la
primera palabra de cada frase
dice: "El verdadero no está
entre ellos", los personajes
no entienden el mensaje, pero
deciden llevarselo a la quinta,
para que esta le pregunte al
maestro sapo, que también peleó
contra Pein. (especulando puede
ser que el verdadero cuerpo de
Pein no sea ninguno de los 6 que
pelearon contra Jiraya, ya que el
mismo, encontró raro que el joven
que entrenó de niño y poseedor del
rinnegan, no se parecía
a ninguno de los Peins.) Luego
cambian de escena, y aparecen
conversando Pein,
Konan y Tobi o Madara; Donde
este último le dice que por haber
matado a Jiraiya, Konoha lo
perseguiría, y le comenta que el  
biju de 8 colas lo iba
a capturar Sasuke, a lo que konan le
pregunta si podrá hacerlo,
y Madara le responde que él
confia en
sasuke. Luego Madara se va y
Pein se
levanta y le dice a Konan que se
prepare,
ya que atacaran konoha, y en ese
momento aparecen los cuerpos de
Pein y ahora hay uno nuevo, una mujer. 
 Fukasaku-sama lee
el mensaje diciendo
que todo esta muy confuso,
recordando
lo que le decía Jiraiya a la
hora del
combate, por
lo que para poder aclarar
un poco el
panorama tienen que esperar
lo que diga
las otras 2 pruebas, el
interrogatorio y la autopsia.
Fukasaku-sama le dice a Naruto
que en este momento no puede
hacer nada frente a Pein, por lo
que le propone ir a entrenar en
Myobokuzen, a lo que este acepta. 

Saga Actual 
Naruto antes de partir con Fukasaku-
sama le pide a Shikamaru que
descifre
el código y se despiden de los
demás y quedan en que ante
cualquier información sobre el
cuerpo
enviado por Jiraya se les será
trasmitida a través de un
emisario rana dejado por
Fukasaku. De forma inesperada
Naruto aparece en Myobokuzen
debido a una invocación inversa.
Preguntándose qué había pasado
aparece Gamakichi, ahora ya mucho
más crecido, y le dice que él fué
quién le invocó. Despues de haber 
comido comienza su entrenamiento,
el Gran sapo le dice que su
entrenamiento va estar basado
en senjutsu y no en ninjutsu,
luego de muchas explicaciones
sobre el chakra, Naruto logra
entender gracias a Gamakichi
que el senjutsu es la fuerza
externa que es extraída de la
naturaleza y que hace aumentar
el poder del chakra del ninja
que lo utiliza más allá del límite
propio del mismo. Fukasaku-sama le
demuestra cómo es, levantando
una gran roca y le dice a Naruto
que todavia no puede sentir el
senjutsu ni realizarlo, él le
pregunta cómo puede hacerlo a lo que
Gamakichi responde que con la muerte. 

Fukasaku regaña al hijo de
Gamabunta por su comentario
ya que lo que en realidad le
quería decir era que él debía ser
uno solo con la naturaleza
sintiendo el flujo a su alrededor,el
viejo sapo le pone a Naruto un poco
de su aceite,explicandole que es el
método mas eficiente de poder
controlar los Senjutsus, pero le
advierte que si tiene mas chakra
natural que fisico y espiritual,se
convertirá en un sapo, añadiendole
que Jiraiya no domino por completo
aquella tecnica, convirtiendose
algunas partes de su cuerpo en
sapo (poseia un poco mas de
chakra de naturaleza, que fisico y
espiritual). Naruto ya sabe como
controlar el senjutsu, y su
diferencia de apariencia en
estado ermitaño con su
estado normal no es mucha.